La gestion des sites Natura 2000 relève d’une démarche participative des acteurs du territoire : élus, associations, propriétaires publics ou privés, gestionnaires, services de l’Etat et de la Région, acteurs de la recherche, représentants des usagers… Réunis chaque année en comité de pilotage, ces acteurs approuvent un document d’objectifs commun, qui définit les orientations et les mesures de gestion, de conservation et de sensibilisation à mettre en œuvre. Une fois le document d’objectifs validé, le comité de pilotage suit sa mise en œuvre, menée par les structures animatrices sous l’égide du maître d’ouvrage.

Pour favoriser le déploiement de ces mesures, des incitations ou soutiens financiers sont prévus par la Région Bourgogne Franche-Comté et l’Europe. Concrètement, il est possible pour tout propriétaire ou bénéficiaire de droits réels sur une parcelle incluse dans un site Natura 2000 – qu’il soit agriculteur, forestier, particulier, collectivité, association… – de s’engager pour préserver la biodiversité. Deux modalités d’engagement existent :

• Les contrats Natura 2000: ils peuvent être passés en milieu agricole (Mesures agro-environnementales et climatiques – MAEC), forestier ou ni agricole ni forestier pour une durée de cinq ans, avec un objectif de préservation des habitats et espèces d’intérêt européen. Les contractants sont financés pour la mise en place d’actions favorables à la préservation des milieux telles que définies dans le document d’objectifs.
• La charte Natura 2000 : il s’agit d’un engagement au maintien de bonnes pratiques sur les parcelles engagées. Celles-ci peuvent être à vocation agricole, forestière ou non productive. Sans contrepartie financière, la signature d’une charte ouvre droit à des exonérations fiscales. L’engagement souscrit porte sur cinq ou dix ans.

 Les projets d’aménagements ou les activités humaines ne sont pas exclus dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des sites. Les animateurs des Conservatoires d’espaces naturels accompagnent les porteurs de projet en leur apportant des informations sur le patrimoine naturel, en émettant des recommandations ou en participant à la définition de solutions alternatives, si des atteintes potentielles à la biodiversité sont identifiées. Ces actions entrent dans le cadre d’une démarche appelée « évaluation des incidences », en lien avec les services de l’Etat concernés.